В Warhammer 40,000: Inquisitor - Martyr инквизитор выполняет поручения Империи, путешествуя по космическим просторам, и убивая всех, кто нарушает имперские планы. Экшен выполнен во Вселенной Вархаммер 40,000, а действие разворачивается в секторе Калигари, где волю Императора выполняют инквизиторы.
В сегменте Темпестус, сектор Калигари, опять неспокойно - здесь приняли зашифрованный сигнал бедствия, исходя из шифровки, принадлежащий инквизиции. Герой прибывает на поиски источника, обнаружив монастырь Мученик, который пропал из поля зрения 5 тысяч лет тому, еще в Эру Отступничества. Руководство Калигари желает разобраться в ситуации и о делах лорда-инквизитора - Утера Тиберия, командира Мученика. Протагонист прибывает на место, но узнает, что здесь уже побывал Клостерхейм и посланники ордена Стражей Бури.