Quake 3 Arena рассказывает о том, как древняя раса Вадригар некогда построила Вечную Арену. Это священное место было гладиаторской ареной, которая служила для развлечения вадригарского народа. Они требовали хлеба и зрелищ, поэтому на поле боя сражались только лучшие бойцы. Квейк 3: Арена - это классический шутер от первого лица. Без ролевой системы, без дополнительных механик. Только динамичный и брутальный экшен. Присутствует огромный выбор оружия: пулемет, двустволка, гранатомет, ракетница и такие эксклюзивные стволы, как Lightning Gun, PlazmaGun, RailGun и BFG10K.

Игровой процесс заключается в прохождения кругов, которые нумеруются от Tier 0 до Tier 7. Побеждая всех соперников на предыдущей локации, игрок двигается дальше, пока не сразиться с чемпионом гладиаторских поединков - Зиро. Одиночная кампания состоит из сражений с ботами на 4 различных картах, содержащих по 7 звеньев. Убивая противников, выпадают медали за совершенные действия: хедшоты, цепочки убийств и т.д. Мультиплеер Quake 3 Arena состоит из нескольких режимов:
 

• Free For All - классический дезматч, где каждый боец выступает сам за себя;
• Team Deathmatch - сражения, где побеждает та команда, чей участник выживает последним;
• Tournament - бои один на один, где победивший участник проходит дальше;
• Capture The Flag - захват вражеского знамени, которое требуется принести на свою базу.

Броня представлена лишь одним видом, отличающийся только единицам защитных поинтов. На локациях содержатся бусты, дающие временное бессмертие, невидимость, телепорт или "эффект хищника", позволяющий быстро разделаться с противниками. В сетевой код встроен античит PunkBuster. Разработчики позволяют играть в одиночку во все сетевые режимы, который эмулирует мультиплеерную игру (Skirmish - стычка). Доступны все карты, только вместо других игроков необходимо сражаться с ботами.