Omega Mouse Zero погружает игроков в Omega-Verse, обширную мультиверсию, созданную одним разработчиком. В этой 2,5D Metroidvania исследование сочетается с захватывающим экшеном. Игроки управляют персонажем, перемещающимся по яркому миру, наполненному секретами, которые нужно раскрыть. Основной геймплей включает в себя платформенные задачи и боевые столкновения с более чем 100 врагами, периодически появляющимися на экране. Модификации, разбросанные по миру, улучшают способности персонажа, добавляя глубину как исследованию, так и бою.

В центре повествования - Теневой Кот, молодой бродяга с нераскрытым потенциалом. Под руководством уважаемого профессора Shadow Cat оттачивает свои навыки и постигает запретные знания. Заинтригованный концепцией альтернативных вселенных, Shadow Cat становится одержим идеей раскрыть секреты Омега-Версе.