Внезапно появляется Пугало и сообщает, что во время последнего происшествия он использовал всего 100 граммов своего зелья.

По сюжету мы много передвигаемся по Готэму в самом начале, но основные события открываются перед нами в Китайском Квартале, где у пугала, как оказалось, есть небольшое убежище, где он делает свой токсин. Получив новейшую разработку от военного кортежа, мы отправляемся на изучение её, дабы предотвратить последствия нового взрыва. Разработчики оставили нам ключевых героев, влияющих на сюжет и дополняющих его. Джеймс Гордон - комиссар полиции, помогающий Бэтмену. Женщина-кошка, которая сначала не может ужиться с главным героем, а позже становится его возлюбленной. Оставлены были и антагонисты.

Джокер. Король преступного мира, как всегда выступающий главным злодеем. Пугало, который управляет страхами людей, и отлично разбирается в человеческой психологии. Харли Квинн, Двуликий, Пингвин и многие другие. Игра насыщена сюжетными поворотами не хуже, чем кинолента. Разработчики сохранили большинство привилегий из прошлой части. Наверняка они оставили нам гаджеты и прочие модные штучки, вроде крюка, тросомета и бэтаранги. Детективное зрение претерпело некоторое изменение: оно работает на определенной локации, и не применимо в чертах города, если мы отправляемся в свободное путешествие. Да и сами квесты иногда заставляют нас отправиться в открытый мир красивого города. Система боя сильно изменилась в Batman: Arkham Knight. Теперь, помимо контр-ударов, союзники могут объединиться в «боевую связку» и выполнять супер приемы на своих глазах. Новые костюмы, управляемый Бэтмобиль, на котором можно совершать трюки — всё это осталось на своих местах.