Anomalous переносит игроков в вымышленный тоталитарный город-государство Kosolov. Местные власти смогли промывать людям мозги и вынуждали их работать до изнеможения, чтобы обогащаться за счёт других. Однажды лидеры этой закрытой промышленной страны начали ставить эксперименты над людьми. Они стремились увеличить военный потенциал государства и проводили опыты над мёртвыми рабочими, надеясь оживить их и заставить снова выполнять свои обязанности.

Попытки использовать регенеративную биомассу и установить биоимпланты привели к катастрофе. После этого события город заполонили мутанты. Задача главного героя — выбраться за его пределы. Карты представляют собой закрытые и открытые пространства, полные секретов. Среди декораций встречаются разрушаемые объекты, такие как бочки и ящики.

Anomalous — это ретро-шутер с видом от первого лица, предлагающий быстрый и динамичный геймплей в духе шутеров из 90-х. Здесь не нужно перезаряжать пушки — важно только следить за боезапасом. Патроны, как и броня, и аптечки, разбросаны по местности. На уровнях можно найти бонусы, которые дают временные усиления, такие как увеличение урона.

В ближнем бою главный герой использует топор и лопату. Для атак издалека у него есть пистолет, дробовик, автомат, ракетница, пулемет, двустволка, плазменная пушка, арбалет, снайперская и лазерная винтовки. Новые стволы также нужно искать на локациях. Боец способен носить с собой весь арсенал.