В начале XCOM 2 нам показывают ролик от нынешнего правителя планеты (на самом деле — это постановочный, нарисованный персонаж, им управляют пришельцы), который говорит, что сегодня день, когда пришельцы захватили нас, и земля окунулась в мир; сегодня мы празднуем 20-тилетие свободы. В этот же день он уверяет, что XCOM, как повстанческой группы больше нет. Но ролик прерывается создателем.

На окраинах города собралась достаточно большая вооруженная группа повстанцев, которые смогут дать отпор инопланетной цивилизации. Мы играем за группу людей, но можем стать капитаном «Мстителя» - корабль пришельцев, сделанный как передвижной дом корпорации XCOM. С корабля мы можем нанести удар, подогреть людей на планете и дать надежду на то, что все 5 классов, которые мы нанимаем, смогут отнять у инопланетян нашу планету снова. Каждый класс имеет уникальную стоимость, количество жизней и броню.