Мрачная атмосфера в The Mortuary Assistant погружает в деятельность сотрудника морга, занимающегося рутинной работой. Главный герой прибывает на представленную должность в Ривер Филдс, чтобы обучаться и получать трудовой опыт. Наставником выступает человек по имени Морттик, который помогает разобраться в тонкостях повседневных задач и рассказывает про правильное бальзамирование трупов, а также про уход и качественное обращение с телами умерших людей.

Занимаясь бытовыми делами в The Mortuary Assistant, игрок узнает истории о паранормальных случаях, связанных с погибшими. Предстоит разбираться в слухах беспокойных граждан, начиная сталкиваться со странными явлениями. В один день на связь выходит Морртик, сообщающий о правдивости происходящих ужасов. В морг поступают новые тела, за которыми предстоит наблюдать протагонисту, разбираясь в проявлениях демонических сил. Игрок будет осматривать мертвых, анализируя и записывая собственные наблюдения в блокнот. Игра совмещает жанры хоррора и симулятора, где необходимо принимать трупы и производить рассортировку. Забирая на исследование умерших, геймеры будут внимательно наблюдать за реакциями на эксперименты, которые решается осуществить персонаж. В оскверненных организмах находятся потусторонние сущности, желающие вырваться на свободу и подчинить себе физиологических носителей.